Naruto Uzumaki bien évidemment, mais aussi Sakura Haruno, Sasuke Uchiwa et leur sensei Kakashi Hatake, sont présents dans presque tous les premiers chapitres du manga et en sont les protagonistes. Par la suite, de nouveaux personnages font leur apparition, comme les Sannin, 3 ninjas légendaires qui deviendront les mentors des trois élèves dans la nouvelle génération et introduisant leur séparation. Naruto l'hyperactif suivra Jiraya, ninja pervers au grand cœur, ancien maître du Quatrième hokage ; Sakura, plus calme, suivra la formation de guérisseur de Tsunade ; Sasuke le surdoué deviendra le protégé d'Orochimaru, considéré comme un génie, il est néanmoins un criminel recherché pratiquant des expériences interdites et veut s'emparer du corps de Sasuke. Itachi Uchiwa: c'est le grand frère de Sasuke mais aussi son pire ennemi car Itachi a décimé tout le clan Uchiwa. Tout comme Orochimaru, c'est un criminel de rang S. Il y a aussi d'autres personnages: Rock lee, Neji Hyuga, Ten ten, Hinata Hyuga, Shino Aburame, Kiba Inuzuka, Shikamaru Nara, Ino Yamanaka, Choji Akimichi, Gaara, Temari, Kankuro, etc...